Die mangelnde Aufarbeitung des Dopingsystems in Westdeutschland von Sport und Politik erboste ihn: „Da ist nichts! Im Gegenteil, da ist immer noch Verhinderung. Bis heute will niemand was wissen, niemand will es wahrhaben.“
Trotz immenser Widerstände aus dem Sport erhielt der Biologe 2004 das Bundesverdienstkreuz für seinen Kampf gegen Doping. Später beriet Franke, der auch zahlreichen zu Unrecht angeklagten Athleten zur Seite stand, unter anderem den Dopingopfer-Hilfe-Verein (DOH), dem er auch sein akribisch geführtes Archiv zur Verfügung stellte.
Sein Anti-Doping-Engagement stellt ihn zufrieden
Später ging er auf Distanz. Er warf den DOH-Verantwortlichen unter anderem vor, ehemalige Sportler trotz unzureichender Nachweisverfahren als Dopingopfer anzuerkennen. Die Auseinandersetzung eskalierte 2019, als Franke vor einer Presserunde des Vereins in Berlin der Zutritt verwehrt wurde. „Es tut mir in der Seele weh. Werner Franke hat viel für den Verein getan“, sagte danach der DOH-Vorsitzende und Sportrechtsexperte Michael Lehner.
Franke hat ein Vermächtnis hinterlassen, nicht nur im Anti-Doping-Kampf. „Wenn ich in der Grube liege, und das ist ja gar nicht mehr so weit hin, tragen immer noch Proteine und Gene, die ich entdeckt habe, den Namen, den ich ihnen geben durfte“, sagte Franke vor Jahren: „Das stellt mich zufrieden.“