Den neuen Fischotter-Verordnungen zufolge hätten die Tiere unter besonderen Voraussetzungen getötet werden dürfen, und zwar regional beschränkt auf Niederbayern und die Oberpfalz mit Ausnahme des Landkreises Neumarkt. Die Landesanstalt für Landwirtschaft bestimmte eine jährliche Tötungshöchstzahl, in dem Fall 32 Tiere.
Dies erachtete der Verwaltungsgerichtshof als rechtswidrig, weil vor dem Erlass etwa der Bund Naturschutz hätte gehört werden müssen. Es könne nicht ausgeschlossen werden, heißt es in der Urteilsbegründung, "dass die Verordnung bei Durchführung der Verbändebeteiligung einen anderen Inhalt erhalten hätte". Zudem kritisierten die Richter das Vorgehen bei der Festlegung der Zahl der zur Tötung freigegebenen Tiere über eine nachgeordnete Behörde.
Der Landesfischereiverband Bayern hatte sich im Februar anlässlich seiner Jahresklausur für einen niedrigeren Schutzstatus des Fischotters ausgesprochen und auf Österreich verwiesen. In dem Nachbarland sei der bundesweit günstige Erhaltungszustand bereits festgestellt worden, weshalb dort Entnahmen zulässig seien. In Bayern sei dies nicht möglich, weil in Deutschland national kein günstiger Erhaltungszustand bestehe. Durch den absoluten Schutz breite sich der Fischerotter rasant aus, argumentiert der Verband. Andere, ebenso geschützte oder schützenswerte Tierarten seien die Leidtragenden.