Wie die HWK mitteilt, wurde Thauer 1974 in die Vollversammlung der HWK Coburg berufen. Seit 1989 gehörte er dem Vorstand der HWK Coburg an, ehe er im Jahr 1990 zum Vizepräsidenten und 1999 zu deren Präsident gewählt wurde. In dieser Zeit war er maßgeblich an dem Zusammenschluss „seiner“ Kammer mit der Handwerkskammer für Oberfranken beteiligt, bei der er schließlich zwischen 2004 und 2009 Mitglied der Vollversammlung und des Vorstands war.